Il Consiglio della Scuola, presieduto dal Direttore, ha competenze deliberative, propositive e consultive nelle materie concernenti l'organizzazione e la gestione delle attività formative della Scuola. In particolare:
Elegge, ogni 3 anni accademici, il Direttore della Scuola
Approva, annualmente, la composizione del corpo docente e i piani didattici
Approva la collocazione dei Medici in Formazione in strutture extra rete formativa
Il Consiglio è composta dal corpo docente della Scuola e da 3 specializzandi eletti dagli iscritti al corso.